Ενετοκρατία

Τα παλιότερα επίσημα έγγραφα που διασώζονται στα οποία η Έμπαρος αναφέρεται ως χωριό είναι από την περίοδο της Ενετοκρατίας. Αρχαιότερη μνεία του χωριού γίνεται σε συμβόλαιο του 1301: όταν διατάχθηκε η πρώτη ερήμωση του Λασιθίου, το 1293, η Έμπαρος, επειδή ήταν έδρα των επαναστατών, καταστράφηκε. Ο φεουδάρχης του χωριού, Νικόλαος Ανδρ. Κορνάρος, ζήτησε να αποζημιωθεί για τις ζημιές. Το 1635 ήταν φέουδο του Μάρκου Αντώνιου Φώσκολου, ποιητή του «Φορτουνάτου». Και το δίνει προίκα στην κόρη του Ντιάνα.

Αναφορά στην Έμπαρο σε έγγραφο του 1588. Το απόσπασμα είναι παράφραση του πρωτοτύπου εγγράφου.

Γαληνότατε πρίγκιπα, στις 23 του περασμένου μήνα Νοεμβρίου καταγγέλθηκε από τον άρχοντα Μάρκο Γκριμάνι ότι βρέθηκε ένας θησαυρός στο χωριό Έμπαρος του διαμερίσματος της Πεδιάδος που απέχει από την πόλη του Χάνδακα περίπου 30 μίλια. Και γι' αυτό το λόγο την επόμενη μέρα με τη σύμφωνη γνώμη όλων μας ο εξοχότατος σύμβουλος Βερνάρδος Μπάφος επισκέφτηκε τον τόπο όπου, όπως είχε αναφερθεί, βρέθηκε από ένα κάτοικο του παραπάνω χωριού, καθώς έσκαβε, ένα χρυσό νόμισμα. Στο σημείο εκείνο σκάβοντας με τη μέγιστη δυνατή προσοχή, όπως συνηθίζεται σε αντίστοιχες περιπτώσεις, βρέθηκαν από τον ίδιο χωρικό 1090 χρυσά νομίσματα με την ίδια και άλλες παραστάσεις συνολικού βάρους 1 και 1/4 του τσεκινιού το καθένα. Όλα αυτά τα νομίσματα, από όσο μπορούσε κανείς να διαπιστώσει, πρέπει να βρίσκονταν σε ένα αγγείο μες στο έδαφος το οποίο από τα χτυπήματα της τσάπας κομματιάστηκε, απομένοντας μόνο το μισό της βάσης του με μεγάλο μέρος των νομισμάτων που περιείχε. Έτσι, αν και με εντολή του εξοχότατου συμβούλου σκάφτηκε η περιοχή γύρω από το σημείο ανεύρεσης του αγγείου, δεν βρέθηκαν άλλα νομίσματα. Γι΄ αυτό και ο εξοχότατος σύμβουλος επέστρεψε στην πόλη μεταφέροντας τα παραπάνω νομίσματα· απ΄ αυτά το μερίδιο που σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις ανήκε στο Δημόσιο και ανερχόταν στα 303 νομίσματα κατατέθηκε στο δημόσιο ταμείο για να βγει το συντομότερο δυνατό σε πλειστηριασμό· το ποσό της είσπραξης θα κατετίθετο υπέρ του Δημοσίου, όπως γινόταν άλλωστε και σε αντίστοιχες περιπτώσεις στο παρελθόν. Το παραπάνω γεγονός θεωρήσαμε υποχρέωση να το αναφέρουμε στην εξοχότητά σας.
Χάνδακας 3 Δεκεμβρίου 1588
Η Διοίκηση και ο Γενικός Διοικητής Κρήτης

Με βάση το βάρος των νομισμάτων υποθέτουμε ότι ήταν μάλλον βυζαντινοί χρυσοί σόλιδοι (5-7ος αι. μ.Χ.)

Στην περίοδο της Ενετοκρατίας η Έμπαρος παρουσίαζε αρκετή πρόοδο και αποτελούσε το μεγαλύτερο χωριό της Πεδιάδας. Η σπουδαιότητά της την περίοδο αυτή καταφαίνεται και από τα πολλά ορθόδοξα κατάγραφα εκκλησάκια που διατηρούνται μέχρι σήμερα στην περιοχή (συνολικά 18). Τα περισσότερα από αυτά είναι κτίσματα της περιόδου αυτής, ίσως και παλιότερα, αποτελούν αξιόλογα μνημεία της Κρητικοβυζαντινής ορθόδοξης αγιογραφίας και πιστοποιούν τη βαθιά ορθόδοξη πίστη των κατοίκων και το υψηλό πολιτιστικό επίπεδο του χωριού (βλ. σχετική ενότητα).

Η Έμπαρος έλαβε ενεργό μέρος και στον Κρητικό πόλεμο του 1645-1669 και μάλιστα οι κάτοικοί της φρουρούσαν και υπεράσπιζαν το χωριό τους απέναντι στους Τούρκους από τον «Πύργο» που είχαν χτίσει εκεί οι Βενετοί.